Balıkesir Üniversitesi'nin üç temel kökü vardır: Necatibey Eğitim Enstitüsü/Yükseköğretmen Okulu/Fakültesi, Mimarlık-Mühendislik Akademisi/Fakültesi ve Turizm Otelcilik Yüksekokulu.

Balıkesir Üniversitesi?nin kökleri 1910 yılında kurulan Karesi Muallim Mektebi?ne kadar dayanir. Balıkesir Devlet Mühendislik Akademisi, Balıkesir İşletmecilik ve Turizm Yüksekokulu ile Balıkesir Meslek Yüksekokulu?nun 1975-1976 eğitim-ögretim yılında faaliyete geçmesi ile üniversitemizin kuruluşuna giden yolda önemli adımlar atılmıştır. Bu kurumlar, 1982 yılında 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile isim ve statü değiştirmişler ve Uludağ Üniversitesi?ne bağlanmışlardır. Necati Eğitim Enstitüsü 1978-1979 öğretim yılında üç yıllık statüden çıkarılmış, 4 yıllık ?Yükseköğretmen Okulu? statüsüne alınmış ve 1982 yılında da bu kuruma Necatibey Eğitim Fakültesi ismi verilmiştir. Aynı şekilde Balıkesir İşletmecilik ve Otelcilik Yüksekokulu?nun ismi Balıkesir Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu olarak değiştirilmiş, 2 yıllık Balıkesir Meslek Yüksekokulu?nun ismi ise aynı kalmıştır. Uludağ Üniversitesi?nin çatısı altında on yıl kalmış olan bu kurumlar, sağlıklı ve istikrarlı bir gelişme ile Balikesir Üniversitesi için güçlü bir altyapı oluşturmuşlardır.

Balıkesir Üniversitesi, 11 Temmuz 1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete?de yayınlanan 3837 Sayılı Kanun geregince kurulmuştur. 1 Ocak 1993 tarihinde tüzel kişilik kazanmış ve o günden beri faaliyetlerini sürdürmektedir.