3 Temmuz 1992 tarihinde, 3837 sayılı kanunla kurulan Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi 1992-1993 Eğitim-Öğretim yılında Trakya Üniversitesi'nden devredilen Çanakkale Eğitim Fakültesi, Çanakkale Meslek Yüksekokulu ve Biga Meslek Yüksekokulu ile öğretime başlamıştır.

1993-1994 Eğitim-Öğretim yılında Fen Edebiyat Fakültesi, Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu ile Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, 1994-1995 Eğitim-Öğretim yılında Biga İ.İ.B. Fakültesi, Ayvacık, Bayramiç(bkz: Bayramiç Meslek Yüksekokulu), Çan, Ezine, Gelibolu ve Yenice Meslek Yüksekokulları ile Fen Bilimleri ve Sosyal Bilimler Enstitüsü, 1995-1996 Eğitim-Öğretim yılında Ziraat, Su Ürünleri, İlahiyat ve Mühendislik-Mimarlık Fakülteleri, 1996-1997 Eğitim-Öğretim yılında Sağlık Yüksekokulu, 1998-1999 Eğitim Öğretim yılında Gökçeada Meslek Yüksekokulu 2000-2001 Eğitim Öğretim yılında da Lapseki Meslek Yüksekokulu açılarak öğretime başlamışlardır.

Ayrıca 1997 yılında kurulan ve ilk öğrencilerini 2000-2001 Eğitim-Öğretim yılında alan Güzel Sanatlar Fakültesi ve 7 Ağustos 2000 tarihli resmi gazetede yayınlanan Bakanlar Kurulu kararı ile kuruluşunun yasal sürecini tamamlayan Tıp Fakültesi ile 9 Fakülte, 11 Meslek Yüksekokulu, 3 Yüksekokul, 2 Enstitü ile beraber Üniversite toplam 24 eğitim birimine sahiptir.