Harran Üniversitesi Şanlıurfa'da kurulan ilk yüksek öğretim birimi Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu'dur (1976). Sonra Dicle Üniversitesi'ne bağlı Ziraat Fakültesi (1978), Mühendislik Fakültesi İnşaat Bölümü (1984) ve Gaziantep Üniversitesi'ne bağlı İlahiyat Fakültesi (1988) kurulmuştur.

Daha sonra 09.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanunla Harran Üniversitesi kurulmuş ve daha önce var olan okullar bu kanuna göre Harran Üniversitesine bağlanmıştır. Ayrıca Fen-Edebiyat, Tıp Fakültesi, Şanlıurfa Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Sosyal Bilimler, Fen Bilimleri ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü kuruluş kanununda yer almıştır.Türkiye'de mezunları aranan bir üniversite yolunda hızla ilerlemektedir.Yüzü aşkın üniversite sıralamasında 18.sırayı alarak kalitesini bir kez daha göstermiştir.

1994 yılında Siverek, Hilvan, Suruç, Birecik, Viranşehir ve Bozova Meslek Yüksekokulları; 1995 yılında ise Veteriner Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ile Akçakale ve Ceylanpınar Meslek Yüksekokulları; 1997 yılında da Sağlık Yüksekokulu ve Kahta Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.

Üniversite bugün 9 fakülte, 3 yüksekokul, 11 meslek yüksekokulu, 3 enstitü, 9 araştırma ve uygulama merkezi ile faaliyetlerini sürdürmektedir. Üniversiteye adını veren tarihi Harran Kenti, Şanlıurfa'nın 44 km güneydoğusunda yer alan, tarihte önemli olaylara sahne olmuş bir kent merkezidir. Üniversite 10. yüzyılda kurulmuştur. Dünyanın en eski üniversitelerindendir. Bazı kaynaklar dünyanın en eski üniversitesi olarak Mısır'daki El Ezher Üniversitesi'ni göstermektedir.