Iğdır Üniversitesi geçmişte Iğdır Meslek Yüksekokulu adı altında eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmekteydi. 1995 yılında Kafkas Üniversitesi'ne bağlı olarak kurulan Iğdır Meslek Yüksekokulu, o yıl sadece İşletmecilik bölümüyle, 20 öğrencisine 16 okutman 1 hizmetli 1 memur ile hizmet vermekteydi.

2001 yılında başlayan bir fakülte kurma girişimleri 2006 yılında sonuç verdi ve Iğdır'da Kafkas Üniversitesi'ne bağlı olarak Iğdır Ziraat Fakültesi kuruldu. 2008 ÖSS kılavuzunda yerini alan ve 30 öğrencisi ile eğitime başlayan fakülte, 2008-2009 eğitim-öğretim yılında "Iğdır Üniversitesi" adıyla kuruldu ve ilk rektörü Prof. Dr. İbrahim H. Yılmaz oldu