Kapadokya Üniversitesi’nin akademik, finansal ve yönetsel deneyiminin temelini teşkil eden Kapadokya Meslek Yüksekokulu, 2005–2006 akademik yılında, bölge kalkınma hedefleri paralelinde belirlenmiş olan beş programla eğitime başlamış ve 2017-2018 akademik yıl itibariyle Kapadokya ve İstanbul Sabiha Gökçen Havalimanı’nda yer alan iki yerleşkesinde toplam 26 önlisans programı ile eğitim faaliyetlerini sürdürmektedir.

2009 yılında sivil havacılık alanında yoğunlaşılmaya başlanmış ve Balon Pilotluğu, Uçak Teknolojisi, İngilizce Sivil Hava Ulaştırma İşletmeciliği, Sivil Havacılık Kabin Hizmetleri ve Uçuş Harekât Yöneticiliği programları açılmıştır. Bu doğrultuda 2011 yılında Nevşehir’de verilen eğitimlere ek olarak, Savunma Sanayi Müsteşarlığı’nın desteği ile İstanbul Sabiha Gökçen Havalimanı içerisinde de bir yerleşke kurulmuştur.

Kapadokya Meslek Yüksekokulu 2012 yılında, sağlık sektörünün büyüme hedefleri ve bu hedefler doğrultusunda doğacak eleman ihtiyaçlarına yönelik bir şekilde sağlık programlarında yoğunlaşmaya başlamıştır. 2011 - 2012 akademik yılında Çocuk Gelişimi, 2012 - 2013 akademik yılında Ağız ve Diş Sağlığı, Ameliyathane Hizmetleri, Diyaliz, Fizyoterapi ve Tıbbi Görüntüleme Teknikleri programları; 2013 - 2014 akademik yılında Anestezi, Elektronörofizyoloji, İlk ve Acil Yardım, Odyometri ve Optisyenlik programları; 2014 - 2015 akademik yılında, Diyaliz (İngilizce), Tıbbi Laboratuvar Teknikleri, Sağlık Turizmi İşletmeciliği, Sosyal Hizmetler, Patoloji Laboratuvar Teknikleri; 2015 - 2016 akademik yılında ise Diş Protez Teknolojisi programı açılmıştır.

2014 yılında İlk ve Acil Yardım, Tıbbi Görüntüleme Teknikleri, Ameliyathane Hizmetleri, Anestezi, Diyaliz, Odyometri, Optisyenlik programlarının uygulama eğitimlerini yürütmek üzere tam donanımlı uygulama alanları oluşturulmuştur. Kapadokya Meslek Yüksekokulu'nda yürütülen programların uygulama eğitimlerini desteklemek üzere, 2014 yılında Ağız ve Diş Sağlığı Uygulama ve Araştırma Merkezi, Çocuk Gelişimi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Fizik Tedavi ve Sağlıklı Yaşam Uygulama ve Araştırma Merkezi ve Sürekli Eğitim Merkezi adlarıyla dört merkez kurulmuştur.

2013 yılı itibarıyla uzaktan öğretim birimi kurulmuş ve 2014 yılında Turist Rehberliği Uzaktan Öğretim, 2015 yılında Çocuk Gelişimi Uzaktan Öğretim programlarına öğrenci alınmaya başlanmıştır.

2015 - 2016 akademik yılında öğretim programlarına yeni bir alan eklenmiş ve hukuk alanında Adalet, 2017-2018 akademik yılında da Ceza İnfaz ve Güvenlik Hizmetleri önlisans programları açılmıştır.

Sıcak hava balonu üzerine yürütülen çalışmalar, 1 Aralık 2016’da kurulan Sıcak Hava Balonu ve Hava Gemisi Uygulama ve Araştırma Merkezi çatısı altında devam etmektedir.

1 Temmuz 2017 tarihinde Resmî Gazete’de yayınlanan 7033 sayılı kanun ile Kapadokya Meslek Yüksekokulu, yoluna Kapadokya Üniversitesi olarak devam etmektedir.

Kapadokya Meslek Yüksekokulu ve araştırma merkezlerini de bünyesine alan Kapadokya Üniversitesi’nin çatısı altında İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Beşeri Bilimler Fakültesi, Mimarlık ve Tasarım Fakültesi, Yabancı Diller Yüksekokulu, Sağlık Bilimleri Yüksekokulu, Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu ve Lisansüstü Eğitim, Öğretim ve Araştırma Enstitüsü faaliyetlerini yürütecektir.