Üniversitemiz 1992 yılında kurulmuş ve Manisa'da yükseköğretimin temelini oluşturan üç önemli okul ile eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Bu okullar; 1975-1976 öğretim yılında eğitime başlayan (Ege Üniversitesine bağlı) Ege Üniversitesi İktisadi ve Ticari Bilimler Fakültesi Muhasebe Ön Lisans Yüksekokulu, 24 Kasım 1975 yılında kurulan (Gençlik ve Spor Bakanlığına bağlı) üç yıllık Gençlik ve Spor Akademisi ve Demirci ilçesinde, 1975-1976 öğretim yılında Öğretmen lisesi bünyesinde kurulan (Milli Eğitim Bakanlığına bağlı) iki yıllık Eğitim Enstitüsü'dür.

Muhasebe Ön lisans Yüksekokulu; eğitime Manisa-Karaköy'deki bir ilkokul binasında başlamıştır, 1977-78 öğretim yılında ismi Maliye Muhasebe Yüksekokulu olarak değişmiş ve lisans eğitimi vermeye başlamıştır Daha sonra Ege Üniversitesi'nin İktisadi ve Ticari İlimler Fakültesi haline dönüştürülen okul, 1978-79 öğretim yılında Uncubozköy'deki kendi binalarına geçmiştir. 1987 yılında çıkarılan 3389 sayılı kanun ile bu sefer Dokuz Eylül Üniversitesine bağlanmış ve Manisa İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi adını almıştır.

Üniversitemizin en köklü okullarından bir diğeri olan Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu (daha önceki adı ile Manisa Gençlik ve Spor Akademisi), 20 Temmuz 1982'de kuruluşu gerçekleşen Dokuz Eylül Üniversitesine bağlı bir fakülte haline getirilen Buca Eğitim Fakültesine bağlanmış ve bu fakültenin Beden Eğitimi Bölümü olmuştur. İlk adı ile Demirci Eğitim Enstitüsü olarak kurulan ve Türkiye'ye çok önemli öğretmenler yetiştirmiş olan Eğitim Fakültemiz, 1982'de Dokuz Eylül Üniversitesine bağlandıktan sonra Eğitim Yüksekokulu adını almıştır.

Üniversitemiz, 03 Temmuz 1992 tarihinde TBMM 'nde kabul edilen 11 Temmuz 1992 tarih ve 21282 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan 3837 sayılı kanunla Manisa'da kurulmmuştur. Kuruluşu ile birlikte ilk olarak Uncubozköy Yerleşkesi'nde, İİBF Dekanlık binasında hizmete başlamıştır.

Fen-Edebiyat Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Tıp Fakültesi ile Dokuz Eylül Üniversitesine daha önce bağlı olan Manisa İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi adıyla, Demirci Eğitim Yüksekokulu fakülteye dönüştürülerek Eğitim Fakültesi Buca Eğitim Fakültesine bağlı Beden Eğitimi Bölümü Beden Eğitimi ve Spor Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu adıyla, Ege Üniversitesine daha önce bağlı olan Akhisar Tütün Eksperliği Yüksekokulu, Tütün Eksperliği Yüksekokulu adıyla, Alaşehir Meslek Yüksekokulu- Alaşehir Meslek Yüksekokulu adıyla, 10 Eylül 1992'de Sağlık Bakanlığıyla Yüksek Öğretim Kurumu arasında yapılan protokolle Sağlık Meslek Yüksekokulu Celal Bayar Üniversitesine bağlanmıştır. Ayrıca bu kanunla yeni kurulan Salihli Meslek Yüksekokulu yanı sıra yine kuruluş kanununda rektörlüğe bağlı olarak Sosyal Bilimler, Fen Bilimleri ve Sağlık Bilimleri Enstitüleri kurulmuştur.

Manisa Celal Bayar Üniversitesi 1992 deki kuruluşunun arkasından pek çok yeni yüksekokulları bünyesine kazandırmıştır. Bunlardan Yükseköğretim Yürütme Kurulu'nun 25.01.1994 tarihli kararıyla Ahmetli Meslek Yüksekokulu, Demirci Meslek Yüksekokulu, Gördes Meslek Yüksekokulu, Gölmarmara Meslek Yüksekokulu, Kırkağaç Meslek Yüksekokulu, Saruhanlı Meslek Yüksekokulu, Soma Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.

Yükseköğretim Yürütme Kurulu'nun 07.03.1994 tarihli kararıyla kurulan Köprübaşı Meslek Yüksekokulu, 30.03.1994 tarihli kararıyla kurulan Turgutlu Meslek Yüksekokulu, 02 Kasım 1996 gün ve 22805 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan Bakanlar Kurulu kararıyla Sağlık Yüksekokulu, Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı'nın 15.03.1999 tarihli kararıyla kurulan Kula Meslek Yüksekokulu, Yükseköğretim Yürütme Kurulu'nun 26.05.2000 tarihli kararıyla Akhisar Meslek Yüksekokulu, Yükseköğretim Yürütme Kurulu'nun 07.07.2000 tarihli kararıyla Sarıgöl Meslek Yüksekokulu ve 4 Temmuz 1997 gün 23039 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan Bakanlar Kurulu kararıyla Akhisar Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu kurulmuştur. 26.04.2005 tarih ve 25797 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2005/8687 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile Akhisar UygulamalıBilimlerYüksekokulun adı Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu olarak değiştirilmiştir.

1992 de kurulan üniversiteler içerisinde en fazla yerleşkeye sahip tek yükseköğretim kurumu olan üniversitemizin Manisa merkezde 1993 yılında hizmete giren bir Merkez Rektörlük Yerleşkesi, 1992'den itibaren (İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ile Tıp Fakültesi alanı olan) Uncubozköy Yerleşkesi , 1997'den itibaren (Fen- Edebiyat ve Mühendislik Fakültelerinin alanı olan )Muradiye Yerleşkesi ile Manisa merkez dışında 1992'den İtibaren (Eğitim Fakültesi ve Eğitim Yüksekokulu alanı olan) Demirci Yerleşkesi ile bunların dışında Manisa'nın yukarıda isimleri zikredilen yüksekokulun bulunduğu ilçelerdeki yerleşkeler; yüksekokulların kuruluş tarihlerinde eğitim hizmet alanları olarak kullanılmışlardır.

01.03. 1994 de açılmış olan Tıp Fakültesi, bu fakülteyle doğrudan ilgili üniversitemiz Araştırma ve Uygulama Hastanesi; 23.04.1994 tarihinde Sağlık Bakanlığı'ndan bir protokol ile devralınan Moris Şinasi Hastanesi'nin inşa halindeki ek binası tamamlanarak 1995 tarihinden itibaren hasta kabul edilmeye başlanmıştır. Üniversitemiz bundan başka Vakıflar Genel Müdürlüğü'nden 1995 yılında restorasyonlarını yapmak amacıyla üç tarihi bina: (Mevlevihane, Dar'ül şifa ve Sıbyan Mektebi) devraldığı gibi, merkez yerleşkeye çok yakın olan Zirai Donatım Kurumu'na ait alan, Ocak 2000'de devralınarak yeni hizmet birimleri oluşturulmuştur.