25 Temmuz 2016 tarihli, «Olağanüstü Hal Kapsamında Bazı Tedbirler Alınması ve Milli Savunma Üniversitesi Kurulması ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair» 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile Milli Savunma Üniversitesi (MSÜ) kurulmuştur. Aynı KHK ile Harp Akademileri Kanunu yürürlükten kaldırılmış ve Askeri Liseler kapatılmıştır.
Cumhurbaşkanlığının 04.10.2016 tarihli ve 2016/97 sayılı kararı ile Milli Savunma Üniversitesi Rektörlüğüne Prof.Dr. Erhan AFYONCU atanmıştır.
Milli Savunma Bakanlığının 25 Ekim 2016 tarihli emri ile Harp Okulları, Enstitüler, Astsubay Meslek Yüksek Okulları, Bando Astsubay Meslek Yüksek Okulu ile mülga olan Harp Akademileri K.lığı ve tüm Askeri Liselerin personeli, taşınır/taşınmaz malları Milli Savunma Üniversitesi Rektörlüğü emrine verilmiştir.
09 Kasım 2016 tarihli 6756 sayılı, ”Olağanüstü Hal Kapsamında Bazı Tedbirler Alınması ve Milli Savunma Üniversitesi Kurulması ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun Hükmünde Kararnamenin Değiştirilerek Kabul Edilmesi Hakkında Kanun” ile 669 sayılı KHK kabul edilmiştir.
Bakanlar Kurulu’nun 14 Kasım 2016 tarihli, 2016/9522 sayılı kararı ile MSÜ Teşkilatı oluşturulmuş, 25 Kasım 2016 tarihli Resmî Gazetede yayımlanmıştır.
Milli Savunma Bakanlığının 06 Ocak 2017 tarihli emriyle Rektör Yardımcıları atanmış ve Genel Sekreter görevlendirilmiştir.
Milli Savunma Üniversitesi (MSÜ) Rektörlüğü 09 Ocak 2017 tarihinden itibaren mülga olan Harp Akademileri Komutanlığı Yenilevent/İSTANBUL yerleşkesinde faaliyetlerine başlamıştır.
Milli Savunma Bakanlığının 13 Ocak 2017 tarihli emri ile;
- Milli Savunma Üniversitesi Rektörlüğünün; harcama yetkisi, lojistik, ikmal ve tedarik konuları kapsamındaki ihtiyaçlarının mülga Harp Akademileri Komutanlığının halen mevcut birimleri tarafından karşılanacağı,
- Milli Savunma Üniversitesi ile ilgili atama/görevlendirmeler, yurt dışı eğitim, kurslar ve seminerlere ilişkin işlemlerin Milli Savunma Bakanlığı tarafından yapılacağı direktifi verilmiştir.
Milli Savunma Bakanlığının 03 Şubat 2017 tarihli emri ile MSÜ Rektörlük Karargahı Teşkilatı onaylanmıştır.
Milli Savunma Üniversitesinin 15 Şubat 2017 tarihli emri ile Rektörlük Karargahının Teşkilat, Kuruluş ve Kadro Uygulama Emri bağlılarımıza yayımlanmıştır.