Muş Alparslan Üniversitesi, 5662 Sayılı 'Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun'la kurulan ve 28 Mayıs 2007 tarihinde Ahmet Necdet Sezer tarafından onaylanan, yeni üniversitelerden biridir.

Muş ilinde bulunan ve Fırat Üniversitesine bağlı akademik birimlerin hepsi Muş Alparslan Üniversitesi mülkiyetine geçmiştir.

Üniversitenin temelinde Muş Meslek Yüksekokulu bulunmaktadır. 1986 yılında kurulmuş olup Fırat Üniversitesi bünyesinde Hayvan Yetiştiriciliği ve Sağlığı Programı ve İnşaat Programı eğitimi vermekteydi. 2002 yılında Gıda Teknolojisi, Bilgisayarlı Muhasebe Vergi Uygulamaları ve Büro Yönetimi Sekreterlik programları açılarak program sayısı 5?e ulaşmıştır. 2002-2003 öğretim yılında da Süt ve Süt Ürünleri Bankacılık ve İşletmecilik Programları açılarak öğrenci alınmıştır. Ayrıca; Mesleki Teknik Eğitim projesi kapsamında Otomotiv, Makine, Mobilya Dekorasyon, Elektrik, Endüstriyel Elektronik ve Muhasebe Programlarının ikinci öğretimleri açılarak program sayısı 13?e ulaşmıştır.