Ülkemizde yeni kurulan üniversitelerden biri olan üniversite, Bakanlar Kurulu?nun 17 Mart 2006 tarih ve 5467 sayılı kanunu ile hayata geçmiş bulunmaktadır. Üniversite halen faal olarak eğitim öğretim faaliyetlerinde bulunan ve daha önceleri Ondokuz Mayıs Üniversitesine bağlı olarak faaliyet gösteren Ünye İktisadi İdari Bilimler Fakültesi, Fatsa Deniz Bilimleri Fakültesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Sağlık Yüksekokulu ve Mesudiye Meslek Yüksekokulu ile Karadeniz Teknik Üniversitesi ?ne bağlı olarak faaliyet gösteren Ziraat Fakültesi ve Meslek Yüksekokulunun bir araya getirilmesi ile oluşturulmuştur. Ayrıca, kuruluş yasasıyla beraber Tıp Fakültesi ile Fen Bilimleri Enstitüsü, Sosyal Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü üniversiteye kazandırılmıştır.

Rektörü 17 Mayıs 2006 tarihinde atanmasından sonra, yoğun çalışmalar sonucunda üniversiteye Ünye Meslek Yüksekokulu ve Fatsa Meslek Yüksekokulu da katılmıştır. Akkuş Meslek Yüksekokulu?nun açılması doğrultusunda YÖK?ten onay alınmış, altyapının tamamlanması sonrasında bu kurumda eğitim öğretime başlayacaktır.