Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, 20 Temmuz 1982 tarih ve 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulmuştur. Ancak Türkiye'nin doğu bölgesinde bir üniversite kurulması girişimleri çok önceleri başlamıştır.

Van'da bir Üniversite kurulması fikri çok eski olup Cumhuriyet öncesine kadar dayanmaktadır. Osmanlı Padişahı Il. Abdulhamit'in "Eski Hastane adıyla bilinen Van'daki boş arsaya, bir medrese ve tekke inşası için Van Nakibüleşraf Vekili Taha Efendiye izin verildiğine dair emri" 3 Ekim 1905 yılında vermiş olduğu talimattan anlaşılmaktadır. Ayrıca "Van'da açılması istenilen darülfünunun (üniversite) inşa masraflarının Evkaf-ı Hümayun Hazinesi'nden karşılanması ve padişahın adıyla anılmasına dair Sadaret'ten Evkaf-ı Hümayun ve Dahiliye Nezareti'ne gönderilen 3 Temmuz 1913 sayılı yazı" da Van'da kurulması istenen Üniversiteye ayrı bir önem verildiği de anlaşılmaktadır.

Dönemin Cumhurbaşkanı Mustafa Kemal Atatürk, 1927 yılında Milli Eğitim Bakanı Mustafa Necati Bey'i, incelemeler yapmak üzere Van'a göndermiş; Mustafa Necati Bey'de, Van'da üniversite kurulmasını gerekli görmüştür. 1928 yılında, öğretmen Ferit Nur (Kuran) Bey Van'a gönderilmiş ve mevcut ortaokulu liseye dönüştürerek, kurulması tasarlanan üniversitenin çekirdegini oluşturması istenmiştir. Atatürk 1 Kasım 1937'de, TBMM açış nutkunda, 'Doğu bölgesi için Van Gölü Sahillerinin en güzel bir yerinde ilkokulu ve nihayet üniversitesi ile modern bir kültür şehri oluşturmak yolunda şimdiden faaliyete geçilmelidir.' demiş, bu maksatla, o dönemin Milli Egitim Bakanı Saffet Arıkan'ı, arazi tespiti için Van'a göndermiştir. 1938 yılı Kasım başında TBMM açış nutkunda, Atatürk 'İstanbul Üniversitesi'nin geliştirilmesi, Ankara Üniversitesi'nin tamamlanması ve Şark Üniversitesi'nin yapılan etütlerle tespit edilmiş olan esaslar dairesinde, Van Gölü civarında kurulması hızla ve önemle devam etmektedir' demiştir.

11 Haziran 1951 tarihinde, Milli Eğitim Bakanlığınca, aralarında Prof. Dr. Afet İnan'ın bulundugu, 15 kişilik bir heyet oluşturulmuş ve Doğu Üniversitesi'nin yerinin tespiti için esaslı incelemelerde bulunulmuştur.

Bu heyet, merkezi Van olacak bir Doğu Üniversitesi'nin kurulmasını; Elazığ, Erzurum ve Diyarbakır'da bazı fakülte ve enstitülerin, Doğu Üniversitesi'ne yardımcı şubeler olarak açılmasını uygun görmüştür. Bu sıralarda Ankara ve İstanbul'daki üniversitelerin sayısı arttırılmış; İzmir, Erzurum, Trabzon, Elazığ, Diyarbakır, Sivas, Samsun, Malatya, Kayseri, Eskişehir, Bursa ve Edirne'de yeni üniversiteler veya bunların çekirdeğini oluşturacak fakülte, yüksekokul ve akademiler açılmıştır. Ancak bu dönemlerde Van bu mutlu iller arasına girememiştir.

1968 yılında 'Van Üniversite ve Yüksekokullari Kurma ve Yaşatma Derneği' kurulmuş olup, bu dernek, Erzurum Atatürk Üniversitesi'ne bağlı bir fakültenin Van'da açılması ve daha sonra ayrı bir üniversite haline dönüştürülınesi için çaba harcamıştır. Bu amaçla, 1981 yılında oluşturulan bir heyet Ankara'ya gitmiş, Devlet Başkanı Sayın Kenan EVREN tarafından kabul edilen dernek üyelerine, Van'da bir üniversite kurulacağı müjdesi verilmiştir. 6 Kasım 1981 tarihinde üniversitelerimize yeni bir düzen getiren 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nun çıkarılmasından yaklaşık 8,5 ay sonra 20 Temmuz 1982 tarihinde, 41 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı hakkında kanun hükmünde kararname çıkarıldı. Bu kararname ile yeni üniversiteler açıldı. Bunların arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi de vardı. Van'da bir üniversite kurulmasını teminen çeşitli yerel girişimlerde olmuştur.

Üniversitemiz, kuruluş ve gelişmesinde maddi ve manevi katkılarda bulunmak, gelip ders vermek vb. şekillerde emeği geçen herkese minnet ve şükran borçludur.

Halen 17 Fakülte, 5 Enstitü, 4 Yüksekokul, 9 Meslek Yüksekokulu, 1 Konservatuar, 43 adet Uygulama ve Araştırma Merkezi ile Van Gölü kenarında kurulmuş, şehir merkezine 15 km mesafede olan bir eğitim kurumu olarak Merkez Zeve Kampüsü ile Gevaş, Özalp ve Erciş ilçelerinde eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdüren üniversitemizin ismi 18.06.2017 tarih ve 7033 sayılı kanun gereğince Van Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi olarak değiştirilmiş olup, 1 Temmuz 2017 tarih ve 30111 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.